Teoryang Core Population - ang mga unang Filipino ay mula sa isang malaking pangkat ng mga sinaunang tao sa Timog-silangang Asya. Ito ay batay sa pagkakatulad ng mga labi ng Tabon Man, isang Homo sapiens sapiens sa iba pang natagpuang labi sa iba't-ibang parte ng rehiyon ng Timog-silangang Asya.

Teoryang Austronesyano - ayon sa arkeologong Australian na si Peter Bellwood, ang mga Austronesian ang ninuno ng mga Filipino. Aniya, ang mga taong nagsasalita ng wikang Austronesian ang ninuno ng lahat ng mga tao sa Timog-silangang Asya. Paliwanag niya, ang mga Austronesian ay dumating sa Pilipinas noong 2500 B.C.E mula Taiwan. Sa timog China naman aniya ang orihinal na pinagmulan ng pangkat ng taong ito. Ito ay kinikilalang Teoryang Austronesian Migration. Naging batayan ni Bellwood sa kaniyang teorya ang pagkakatulad ng wikang gamit sa Timog-silangang Asya at sa Pacific. Naniniwala naman ang antropologong Amerikano na si Wilhelm Solheim II na ang mga Austronesian di ang mga unang tao sa Pilipinas batay sa kanyang Nusantao Maritime Trading and Communication Network hypothesis. Ang Nusantao ay hango sa mga salitang Austronesian na nusa at tao na nangangahulugang "tao mula sa timog".Ayon kay Solheim, ang pangunahing dahilan ng pagpapalawak ng teritoryo ng mga Austronesian noon ay ang pakikipagkalakalan.